Pendidikan Tinggi Muhammadiyah (PTM) di Maumere diawali dengan berdirinya Universitas Muhammadiyah Kupang (UMK) kampus Maumere atas MoU Bupati SIKKA Drs. Paulus Moa dengan rektor UMK H. Markhotib, SH pada tahun 2002. Dalam perjalanannya hingga angkatan terakhir 2009 sudah meluluskan S1 sebanyak kurang lebih 1000 wisudawan dengan Program Studi Pendidikan Bahasa Indonesia, Pendidikan Biologi, Ekonomi Manajemen, Ekonomi Akuntansi, Sosiologi, Pendidikan Agama Islam dan Hukum. Sebagai kelanjutan dari UMK Kampus Maumere, tercetus ide untuk mendirikan PTM yang berdiri sendiri dengan maksud untuk kemandirian, pengelolaan Perguruan Tinggi dan keinginan masyarakat akan kehadiran PTM di Kabupaten Sikka.

Pada Tahun 2009, di bentuk Panitia Pendirian IKIP Muhammadiyah Maumere yang diketuai oleh H. Jafar Umar, M.Sc., Ph.D dan Sekretaris H. Sudirman Badu, M.Pd keduanya adalah dosen tetap Universitas Nusa Cendana (UNDANA) dan UMK. Sepeninggal H. Jafar Umar, M.Sc., Ph.D (rahimakumullah) tahun 2010, kedudukan ketua panitia pendirian diganti oleh Erwin Prasetyo, ST yang pada saat itu menjabat sebagai Sekretaris Pimpinan Daerah Muhammadiyah Kabupaten Sikka. Setelah melalui proses yang panjang oleh semua pihak termasuk Penanggung jawab Abdul Rasyid Wahab, BA selaku Ketua Pimpinan Daerah Muhammadiyah Kab. Sikka, pada Tanggal 22 Januari 2013 dikeluarkan Izin Operasional oleh Kementerian Pendidikan Nasional melalui SK Nomor:21/E/O/2013 untuk IKIP Muhammadiyah Maumere dengan delapan Program Studi yaitu Program Studi pendidikan Matematika, Pendidikan Fisika, Pendidikan Kimia, Pendidikan Biologi, Pendidikan Bahasa Indonesia, Pendidikan Bahasa Inggris, Pendidikan Ekonomi, Pendidikan Kewarganegaraan. Saat ini 8 (delapan) Program Studi di atas telah terakreditasi Baik Sekali (B).

Berdirinya IKIPMu Maumere tidak terlepas dari dukungan Pimpinan Pusat Muhammadiyah Prof. H.A. Malik Fajar, M.Si, Prof. Dr. K.H Haedar Nashir, M.Si, dan Prof. Dr. K.H. Muhadjir Effendy, M.A.P. Selama perjalanan Universitas Muhammadiyah Maumere sudah mengalami pergantian pimpinan yaitu H. Rodja Abdul Natsir, SH,M.Pd diamanahkan oleh Pimpinan Pusat Muhammadiyah sebagai Rektor selama 2 periode yaitu dari tahun 2013 – 2017 dan dari 2017 – 2021. Dan Rektor berikutnya diamanahkan oleh Pimpinan Pusat Muhammadiyah Kepada Erwin Prasetyo, S.T, M.Pd dari tahun 2021 hingga sekarang. Pada kepemimpinan Erwin Prasetyo, S.T., M.Pd, IKIPMu Maumere telah mengajukan permohonan perubahan bentuk Institut menjadi Universitas kepada Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi (Kemendikbudristek). Melalui proses yang cukup panjang pada Tanggal 13 September 2023 telah dikeluarkan izin perubahan bentuk oleh Kementrian Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi (Kemendikbudristek) melalui SK Nomor: 763/E/O/2023 tentang Izin Perubahan Bentuk Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan Muhammadiyah Maumere di Kabupaten Sikka Menjadi Universitas Muhammadiyah Maumere di Kabupaten Sikka Provinsi Nusa Tenggara Timur yang diselenggarakan oleh Persyarikatan Muhammadiyah.